От всех работ в Электротехническом институте Попов был отвлечен в октябре 1905 г. избранием на пост директора института. События, сопровождавшие это избрание, и ряд недоразумений с Министром внутренних дел, известным Дурново, и ведении которого находился Электротехнический институт, сильно повлияли на состояние здоровья Александра Степановича, уже расшатанного усиленными занятиями в течение многих лет.
Еще во время работ на установке Котка - Гогланд Александр Степанович чувствовал себя не совсем здоровым, и его сотрудник лейтенант Реммерт в своем дневнике отмечал: «Александр Степанович сильно устал». В дальнейшем он не только не отдыхал, но, наоборот, еще больше уставал и физически и морально.
Весь интернет «забила» диета Малышевой, что говорит только о малой эффективности данной диеты снижения веса. Ситуация с массовостью подобных диет напоминает постперестроечную эпоху Гербалайф.
Во время русско-японской войны он очень болезненно переживал то, что тогда называли «позором русского флота», но что на самом деле было позором тогдашнего режима. Не могли не волновать его и события в России и, в частности, все то, что происходило в высших школах. То, что Электротехнический институт находился в ведении Министерства внутренних дел, бывшего скорее Министерством полиции, еще более усложняло положение директора. Здоровье Александра Степановича не выдержало, и 13 января 1906 г., после бурного объяснения с Дурново, он внезапно скончался от кровоизлияния в мозг. Только за 4 дня до смерти русская физическая общественность в последний раз выразила свое уважение к Александру Степановичу, избрав его председателем Физического общества.
Так в расцвете сил окончил свою жизнь молодой еще (ему было всего 47 лет) ученый, подаривший миру одно из самых крупных изобретений, которые когда-либо знало человечество: изобретение, позволившее людям и говорить, и слышать, и видеть за многие тысячи километров.
Своим изобретением радиотелеграфа великий русский ученый Александр Степанович Попов обезсмертил не только свое имя, но и русскую науку.